Program Studi Sistem Informasi merupakan salah satu dari sembilan program studi yang berada di bawah naungan Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar.

Berdasarkan Surat Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor: 2491/D2.2/2009 tanggal 10 Agustus 2009.

Selanjutnya izin pembukaan dan penyelenggaraan prodi Sistem Informasi pada Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddin Makassar berdasarkan pada Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 497 Tahun 2012 tertanggal 19 Maret 2012.